黑客帝国世界一片黑暗，大气层被浓厚且蕴含着无穷闪电的厚厚的电离云层包裹着，失去阳光的恶劣环境，无论怎么看都不像是地球，或许这里的环境根本不是人类应该呆在地方。
“来的刚刚好，等一下‘抢’机械大帝是一个好机会。”唐天座在宇宙战舰的指挥中心中兴奋的说道，而宇宙飞船则漂浮在太空中。
看着指挥中心虚拟面板上画面中，出现了尼奥和崔妮蒂磁乘坐悬浮飞行器，唐天十分满意自己这次掐准了时间，来到了《黑客帝国3》末尾阶段。最后机械大帝会出现的，这个时候唐天就会直接出现用上百终结者4掠夺的收割者捕获机械大帝，完全修改他的程序后就会这次收获一个位面。
虽然现在剧情帮助不大，但是唐天还是看了看剧情。《黑客帝国3》讲的是面对如潮的电子乌贼，人类城市危在旦夕，墨菲斯和崔妮蒂等欲与入侵者决一死战。此时，救世主尼奥的身体和思想却意外分离，后者再度陷入到母体中。墨菲斯和崔妮蒂也不得不带着尼奥的身体，回到母体和守护天使一起寻找他。一场大战之后，守护天使、病毒双胞胎等皆阵亡，而尼奥却在找到先知之后一无所获……
锡安的局势越来越危险，议员及指挥官相继阵亡，机器的攻击却丝毫没有因为人类的反抗而减弱。此时，被叛徒射瞎双眼的尼奥，依然想通过希望去实现预言。这时，特工史密斯控制了先知，并变得越来越强大，威胁到了整个母体的稳定。在返回锡安的途中，飞船遭到电子乌贼的突袭，崔妮蒂死了，重伤的尼奥被带到机器城市01。
在和机器的谈判中，尼奥答应为了人类和机器的共同利益，去消灭史密斯。于是，母体又面临着一次翻天覆地的重载……
想完剧情后，唐天也替这个世界的人类感到悲哀，先是搞出了失控的人工智能，接着又想封闭了太阳就能让机械大帝失去能量而关闭。可没成想，机械大帝之所以会是机械大帝，智能方面绝对是超越了维基、天网、红后等人工智能。人类也自食恶果被机械大帝变了成了生物电池，不过唐天的这次的目标主要就是‘机械大帝’，修改了他的思想就等于拥有黑客帝国位面的一切技术。
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《黑客帝国3》的细节部分，唐天也稍微想了想，毕竟对捕获机械大帝有帮助。
细节部分就是；在真实世界的墨菲斯、崔妮蒂与Logos号飞船的奈奥比会合了，当然，还有那位被洗脑夺体的班恩。崔妮蒂他们从“先知”那里知道了尼奥的现状，在守护天使的带领下，去找梅罗纹奇要人，喜欢享受的阿梅那时正和佩瑟芬在他管辖的地狱酒吧欣赏**的氛围，他当然不肯交出尼奥，因此大家少不了一场激战。在佩瑟芬的帮助下，崔妮蒂他们终于将尼奥带回现实。
在最后一次和“先知”交谈之后，尼奥明白了他的使命。从这开始，故事就分两条线进行。一条是墨菲斯和奈奥比杀回锡安，和基地的人们共同对抗机器大军的进攻；另一条线是翠妮蒂不愿意和尼奥分开，决心放弃一切和尼奥共同前往机器S世界的圣地——01城。奈奥比虽然不相信先知的话，但她开始相信尼奥，把自己那艘最快的logos号飞船借给了尼奥和翠妮蒂，而自己和墨菲斯乘坐Hammer号回锡安。没想到偷偷醒来的班恩溜进了Logos号，一场激战过后，班恩的肉身死去，尼奥身受重伤。历经重重机器大军的堵截，尼奥终于抵达01城。再说锡安城这边，人类已决定展开最后的自救行动，他们组织起了所有的APU（ArmoredPersonalUnits单兵作战机甲），和250000电子章鱼以及大型钻探机器展开了决斗……
尼奥在01城终于得以面对“机器大帝”（DeusExMachina）——机器世界的真正主宰，双方展开了谈判并达成了协议。与此同时，史密斯的能力又扩充了，凡属尼奥接触过的信息他都能分享。他找到了先知的藏身之处，并将她复制成自己，在这个过程中，他也了解到了尼奥的使命。可是他不怕，并开始在母体中无限复制自己，系统危在旦夕……
和“机器大帝”达成协议的尼奥被送进了母体，而史密斯正在那里等他，两人展开了一场只属于“超人”的决斗。机器与人类，两个世界的命运都取决于这一战的结果，而最后结果是.....‘和平’。
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